JDEの自動支払時の決済勘定科目は、次のようなタイミングで、その取得及び変更が可能なものとなります。このため、各々の企業の業務内容に合わせてどのような設定を行うことが良いか検討を行う必要があります。
〜決済銀行を取得するタイミング〜
　[STEP1]自動仕訳（デフォルトの決済銀行）
　[STEP2]仕入先マスタ（元帳クラス）
　[STEP3]債務伝票計上時（相手勘定（元帳相殺））
　[STEP4]スピードリリース（相手勘定（元帳相殺））
　[STEP5]グループ作成（処理オプション決済科目）
　　※各ステップにおいて、ひとつ前のステップの決済銀行勘定科目を引き継いでいます。

①決済銀行を支払時に毎回指定したい場合
　この場合には、支払処理直前まで決済銀行勘定科目が確定しないため、
　”[STEP5]グループ作成”
のタイミングに依存しなければなりません。
　銀行の分グループ作成のバージョンを作成し、メニューに張り付けるもしくは、バージョン一覧名称で決済銀行勘定科目を分かるようにして運用することができます。
　（※システム的に慣れている場合には、処理オプションで毎回値を変更することも可能ですが、間違える可能性が高くなります。）

②決済銀行があらかじめ仕入先毎に決まっている場合
　この場合には、仕入先マスタの登録時点で決済銀行勘定科目が確定しているため、
　”[STEP2]仕入先マスタ（元帳クラス）”
で元帳クラスを利用することにより決済銀行勘定科目を確定することができます。
　ただ、元帳クラスの数が増加するというデメリットが生じますので、他の方法も考えられます。
これは、住所録マスタのカテゴリーと”[STEP5]グループ作成（処理オプション決済科目）”を組み合わせて運用するなどが考えられます。

③決済銀行があらかじめ仕入先毎に決まっているが時々変更を行いたい場合
　この場合には、仕入先マスタの登録時点で決済銀行勘定科目が確定しているため、
　”[STEP2]仕入先マスタ（元帳クラス）”
で元帳クラスを利用することにより決済銀行勘定科目を確定することができます。
　さらに、時々の変更ということなりますので、伝票入力時に決済銀行勘定科目を打ち変えるか、スピードリリース時に決済銀行勘定科目を打ち変えるという運用となります。
　イメージ的には、次のようになります。
　”[STEP2]仕入先マスタ（元帳クラス）＋[STEP3]債務伝票計上時（相手勘定（元帳相殺））”
　”[STEP2]仕入先マスタ（元帳クラス）＋[STEP4]スピードリリース（相手勘定（元帳相殺））”

④決済銀行があらかじめ仕入先毎に決まっているが支払直前に急遽変更を行いたい場合
　この場合には、仕入先マスタの登録時点で決済銀行勘定科目が確定しているため、
　”[STEP2]仕入先マスタ（元帳クラス）”
で元帳クラスを利用することにより決済銀行勘定科目を確定することができます。
　さらに、支払直前に急遽変更ということなりますので、スピードリリース時に決済銀行勘定科目を打ち変えるという運用が良いでしょう。稀なケースとなりますので、グループ作成での変更は望ましくないように思います。
　イメージ的には、次のようになります。
　”[STEP2]仕入先マスタ（元帳クラス）＋[STEP4]スピードリリース（相手勘定（元帳相殺））”